تعقيبا على ما تم نشره في بعض الصحف بخصوص المخالفات وفرض الغرامات ، توضح شئون الجمارك أنه في إطار برنامج تطوير إجراءات العمل لتسهيل التجارة وتسريع عملية التخليص الجمركي في مملكة البحرين قامت شئون الجمارك بعدة خطوات في الأشهر الماضية ، من ضمنها إدخال أجهزة الأشعة التي تستخدم في المسح الضوئي لبعض الحاويات مما ساعد في تقليص مدة التفتيش إلى دقائق مقارنة بالتفتيش الخارجي المتبع في السابق والذي كان يستغرق ساعات ، حيث يقوم الإجراء الجديد على قيام موظف التخليص الجمركي باختيار بعض الحاويات لدخول مسار الأشعة أما باقي الحاويات فيتم التعامل معها بالتفتيش اليدوي . وتتم عملية الاختيار للتفتيش حسب بعض المعايير المحددة مثل المخالفات السابقة للتاجر من ناحية التهرب الضريبي ، أومن ناحية المخلص في حال عدم دقة البيانات أو عدم اكتمال المستندات ، وأحيانا من ناحية المصنع المصدر أو بلد المنشأ .
ولقد بدأت شئون الجمارك باستعمال نظام آلي يربط جميع المنافذ الجمركية لحصر وإصدار ومتابعة جميع المخالفات المتعلقة بالتخليص الجمركي وسيتم تفعيل المواد 156 ، 157 ، 158 من القانون الجمركي على المخالفات سواء من المخلص أو التاجر . وتشمل المواد المفعلة فرض غرامة تبدأ من 50 ديناراً وتصل إلى 500 دينار وقد تصل إلى توقيف رخصة التخليص الجمركي . وإن الآلية الجديدة لشئون الجمارك تعتبر النواة الأساسية في نظام وأسلوب إدارة المخاطر المطبق عالميا حيث أن التاجر أو المخلص عليه الالتزام بإدخال جميع التفاصيل في البيان الجمركي بدقة ، وإرفاق جميع المستندات المطلوبة حسب نوع البضاعة ،واستيفاء الضرائب الجمركية والرسوم بمصداقية لكي يحصل على الأفضلية في التعامل ، من خلال تمرير بضاعته المستوردة عبر أجهزة المسح الضوئي عوضاً عن التفتيش اليدوي مما يوفر عليه الوقت والمال. أما في حالة اكتشاف مخالفات على المخلص أو التاجر في مرحلة مراجعة البيان الجمركي أو عن طريق التفتيش بالأشعة فسوف تتطلب عملية التفتيش إجراءات أخري قد تطيل مدة التخليص الجمركي وقد تؤثر على سجل التاجر أو المخلص لدى شئون الجمارك.إما في حال اكتشاف مخالفات على التاجر في مرحلة التدقيق اللاحق و التي ستفعل على التجار من بداية عام 2010 حسب قانون الجمارك التي تعتبر جزءا مكملا من إجراءات إدارة المخاطر فأن ذلك سوف يؤثر على سجل التاجر لدى شئون الجمارك مما يؤدي إلى سحب صلاحيات الأفضلية في التعامل معه و قد يؤدي إلى فرض غرامات على التاجر. وبناءً على توجيهات العميد باسم بن يعقوب الحمر رئيس شئون الجمارك سوف تفعل عملية إصدار إنذارات شفوية في النظام من الآن وحتى نهاية العام الحالي ، أما الغرامات فسيتم تفعيلها اعتبارا من بداية عام 2010 م حيث يعتبر ذلك فرصة لبعض المخلصين لتدارك وتصحيح أوضاعهم . ومن الجدير بالذكر أنه في حالة إصدار مخالفة تحذيرية في هذا العام للمخلص أو للتاجر فإنها سوف تكون جزءا من سجله لدى الجمارك وسوف تؤثر على المسار المحتمل لتخليص بضاعته حتى ولو لم يغرم عليها .